Így történt, hogy a Magyarországra szánt orgonákat utazóládákba helyezték, s hajóra rakták, mely a Dunán megállt előbb Esztergomban, majd Budapesten, ahonnét már szekereken szállították a megrendelés helyszínére. Az orgona 1854. december 17-én szólalt meg először Fóton.

Ez az orgona egy romantikus hangzású, 16 regiszteres, mechanikus, kétmanuálos, pedálos hangszer volt. Az 1856-os év Fóton nevezetes, mivel a templomépítő gróf meghívására ide látogatott Liszt Ferenc, aki játszott az orgonán és utána elégedetten dicsérte.

A következő évtizedekben folyamatosan használták a liturgiák során. Az I. világháború alatti rekvirálás idején fennállt a veszély, hogy az ón-ólom ötvözetű sípokból puskagolyót öntsenek, azonban az orgona zeneművészeti értékességére hivatkozó kérvénynek köszönhetően elkerülte a beolvasztást, ellentétben az Esztergomba szállított „testvérével”.

A II. világháború alatta templomot 52 belövés érte, a fújtató és a sípok egynegyede károsodott. A háború után a rendbehozatal költségét a Katolikus Diákkör előadásainak bevételei fedezték.

1953-ban tisztítják, hangolják, intonálták, és elektromos motor berendezést is telepítettek hozzá. Az 50-60-as években az egyházzenei események a nem támogatott tevékenységek közé tartoztak, ám 1970-től ezt a templomot is bevonták az Országos Filharmónia hangverseny szervezési céljaiba. Ennek érdekében megvizsgáltatták az orgonát, s a lesújtó szakvélemény szerint a hangszer ebben az állapotában a művészi feladat betöltésére alkalmatlannak bizonyult. Emiatt megtörtént az átalakítás. 1973-ban új játékasztalt kapott az orgona, növelték a hangterjedelmet, 21 regiszteressé vált a hangszer.

2005-ben történt a következő felülvizsgálat, ahol a megbízott szakértő arra tett javaslatot, hogy az eredeti hangzás érdekében az eredeti állapotot állítsák vissza. 2017-ben állami pályázaton sikerült a munkálatokhoz szükséges pénzt előteremteni. Az orgonát szétbontották és csak az idén augusztus 20-án szólalt meg ismét rajta a Soli Deo Glória. Hangszerünk teljes mértékben olyan lett, mint ahogyan azt Ludwig Mooser megálmodta - ismertette a 166 éves orgona történetét Gedai György kántor úr.

Dr. Tuzson Bence államtitkár hangsúlyozta, hogy az orgona több mint egy hangszer. Az orgona hang megérinti a lelkünket. Nem véletlenül dicsérte meg Liszt Ferenc is ezt az orgonát és ezt a gyönyörű templomot, amelynek a rendbetételéhez már jó pár lépés történt állami tehervállalással. Hangsúlyozta, hogy mindig számíthatnak a támogatására ilyen feladatokban, ugyanis egy templom felújítása értékmentés. Nemcsak az épületre gondol, hanem az igazi érték a keresztény közösség. Fontos, hogy az állam odaálljon az értékek mellé, az egyház mellé, erősítse a közösségeket, magyarságunkat.

A Magnificat templomi kórus fellépését követően Gedai Ágoston orgonaművész szólaltatta meg az orgonát öt klasszikus zenemű előadásával.